గవర్నర్ వర్సెస్ ప్రభుత్వం మధ్య వివాదం నడుస్తోంది. ప్రభుత్వానికి ఆమెకు మధ్య ఏ విషయంలోనూ సరిపోకపోగా,కొన్ని విషయాల్లో గవర్నర్ ప్రభుత్వంపై నేరుగానే ఆరోపణలు సంధిస్తున్నారు.అటు ప్రభుత్వం కూడా ఆమెను కీలక విషయాల్లో పక్కనబెడుతోంది.
తెలంగాణలో ప్రభుత్వంతో ఏ విషయంలో సరిపడక పోవడంతో గవర్నర్ తమిళ్సై సౌందర్ రాజన్ అడుగడుగునా అవమానాలు ఎదుర్కొంటున్నారు. ప్రభుత్వం ఏ విషయంలోనూ ఆమెకు గౌరవం ఇవ్వడం లేదు. ఆమె విషయంలో కేసీఆర్ ప్రభుత్వం ప్రోటోకాల్ పాటించకపోవడం, నిర్లక్ష్యం చేయడం జరుగుతోంది. అదే సమయంలో తెలంగాణ ప్రభుత్వంపై అంతే స్థాయిలో గవర్నర్ తమిళ్సై సౌందర్ రాజన్ విమర్శలు గుప్పిస్తూనే ఉన్నారు.మొత్తానికి రాష్ట్రంలో గవర్నర్కు అగౌరవం ఎదురౌతోంది.
మరోవైపు మహారాష్ట్ర గవర్నర్గా ఉన్న భగత్సింగ్ ఖోషియారీ బాథ్యతల్నించి తప్పించాలని ప్రజా జీవితం నుంచి తప్పుకుని ప్రశాంత జీవితం గడపాలని కోరుకుంటున్నట్టు కేంద్రానికి విజ్ఞప్తి చేశారు.దాంతో ఆయనకు విశ్రాంతి ఇస్తూనే మహారాష్ట్రకు తెలంగాణ గవర్నర్ తమిళ్సై సౌందర్ రాజన్ను బదిలీ చేయాలని కేంద్ర ప్రభుత్వం ఆలోచిస్తోంది. లేదా అస్సోం గవర్నర్ పదవీకాలం ముగుస్తుండటంతో అక్కడికైనా పంపించే అవకాశాలున్నాయి.